2285年,在与可汗的战斗中损坏的联邦星舰忽然,天上有一个黑影疾速往陈源身前落下,陈源警觉地向后一退,却见那黑影摔在街心四散飞溅,定睛一看,原来是一只玻璃瓶摔碎了。进取号,返回了地球的太空港以进行维修。柯克还在为斯波克的死感到悲伤。麦科伊医生出现了种种异常的行为:如擅自闯入被封锁的斯波克原来的舱房、胡言乱语等,最后他被送进了医院进行精神检查。斯科提被另分派到了联邦星舰精进号。星际舰队指挥部对新形成的创世星下达了禁入令。柯克被告知,进取号即将除役。 斯波克的父亲沙瑞克找到柯克并告诉他,斯波克的遗体必须返回瓦肯星,否则他的灵魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必须回到创世星,寻回斯波克的遗棺并将它带回瓦肯星——而斯波克临死前与麦科伊进行了心灵融合,因此带有斯波克灵魂的麦科伊也必须前往瓦肯星。